MySQL 是关系型数据库，MongoDB 是文档数据存储。

性能和速度

MongoDB 可以比 MySQL 更快地接受更多结构化或非结构化数据。 MongoDB 对于非结构化数据具有更快速、更灵活的性能。

安全性

即便 MongoDB 和 MySQL 都提供安全的安全模型，如果将可靠性和数据一致性放在企业的优先位置，MySQL 是最合适的选择。

ACID：原子性，一致性，隔离性和耐久性

MongoDB 为保速度和高可用性，ACID 并不是 MongoDB 优先考虑的事情。 MySQL 的事务是 ACID，考虑到事务属性，可确保数据有效性。

查询

MySQL 使用 结构化查询语言（SQL），MongoDB 使用非结构化查询语言（NoSQL），MongoDB 不会执行 JOIN 操作，也不会执行等效操作。

选择场景

MySQL 适合应用在具有固定数据模式且不打算在数据多样性方面扩展太多、对安全性要求较高、数据要求可靠性和一致性的场景下。 MongoDB 适合应用在数据结构不固定，追求高性能、有大量数据需要处理的场景下。适用于实时的插入、更新与查询的需求，并具备应用程序实时数据存储所需的复制及高度伸缩性。

MongoDB 对性能的关注超过对功能的要求。 参考链接：https://zhuanlan.zhihu.com/p/434234869